Нечай був незалежною людиною. З новим гетьманом, Богданом Хмельницьким, мав
часті суперечки. З початком національно-визвольної війни брав участь у
здобутті козаками Кодака, у битві під Жовтими Водами, у битві під Корсунем,
здобув замок у Бродах. Організував Брацлавський полк. Потім став одним з
соратників Максима Кривоноса, відзначився в боях на Вінниччині, під
Меджибожем. Як брацлавський полковник брав участь у битві під
Старокостянтиновом, битві під Пилявцями, в облозі Львова та Замостя. Після
повернення до Києва з волі Б. Хмельницького Нечай командував київським
гарнізоном, вів переговори з дипломатами Речі Посполитої у Києві.